재개발 지역 임대주택 멸실 전 거주주택 비과세 판단 기준

재개발이나 재건축 사업지에 임대주택을 보유하신 분들이 가장 흔히 겪는 딜레마가 있습니다.

 

바로 사업 진행에 따라 임차인이 퇴거하고 건물이 철거되는 과정에서, 내가 살고 있는 거주주택을 팔았을 때 비과세를 받을 수 있느냐는 점입니다.

 

세법에서는 장기임대주택을 보유한 채로 거주주택을 양도할 때 1주택으로 간주하여 비과세 혜택을 주는 특례가 있지만,

주택이 멸실되어 형체가 사라진다면 상황이 복잡해집니다.

오늘은 자칫하면 놓치기 쉬운 멸실과 등록 말소 사이의 골든타임을 이용한 비과세 전략에 대해 세무 전문가의 시선으로 차분히 설명해 드리겠습니다.

 

 

<이번 포스팅 핵심 요약>

1. 거주주택 비과세 요건 준수 → 임대주택의 지자체 및 세무서 등록 상태가 유지되어야 함
2. 멸실 후 양도 시 비과세 불가 → 임대주택이 철거되고 등록이 직권 말소되면 혜택 소멸함
3. 등록 말소 전 양도 시 구제 가능 → 주택이 멸실되었더라도 지자체 등록 말소 전이면 비과세 인정함
4. 자동 및 자진말소 특례 활용 → 폐지 유형은 말소 후 5년 이내 양도 시 멸실 여부 상관없음

거주주택 비과세 특례의 기본 원칙과 장기임대주택 요건

거주주택 비과세란 2년 이상 실제 거주한 주택을 팔 때, 요건을 갖춘 장기임대주택은 주택 수에서 제외해 주는 아주 유용한 절세 제도입니다.

하지만 이 혜택을 받으려면 양도 당시 임대주택이 세법상 '장기임대주택'의 지위를 유지하고 있어야 합니다.

지자체와 세무서에 임대사업자로 등록되어 있어야 함은 물론, 임대 개시 당시 가액 요건(수도권 6억, 지방 3억 이하 등)과 임대료 증액 제한(5% 이내)을 성실히 이행해야 하죠.

재개발 구역 내 임대주택은 사업이 진행됨에 따라 임차인이 나가고 건물이 헐리게 되는데, 바로 이 시점부터 세무상 리스크가 급격히 커지게 됩니다.

 

재개발 멸실과 직권 말소가 비과세에 미치는 영향

재개발이나 재건축으로 인해 등록된 임대주택이 사라지면 지자체에서는 해당 임대주택의 등록을 직권으로 말소하게 됩니다.

 

여기서 주의할 점은 '말소 시점'입니다.

과거에는 멸실된 후 아파트가 완공되면 다시 등록하여 기간을 통산해 주는 관행이 있었으나,

2020년 7.10 대책 이후 아파트 임대 등록이 불가능해지면서 상황이 완전히 바뀌었습니다.

직권 말소 이후 양도 시 비과세 배제

장기임대주택이 재개발로 멸실되고 지자체에서 등록을 말소한 상태에서 거주주택을 양도하면,

세무당국은 더 이상 임대주택이 존재하지 않는 것으로 판단합니다.

이 경우 거주주택 비과세 특례를 적용받지 못해 거액의 양도세를 부담해야 하는 상황이 발생할 수 있습니다.

즉, 서류상 임대사업자 등록이 살아있느냐가 비과세 여부를 가르는 결정적인 잣대가 됩니다.

 

자진말소 및 자동말소 주택의 5년 유예 특례

다행히 모든 경우에 멸실이 발목을 잡는 것은 아닙니다. 7.10 대책으로 인해 강제로 등록이 폐지되는 '단기임대'나 '아파트 장기일반민간임대'의 경우에는 특별한 구제책이 있습니다.

 

 

이러한 폐지 유형 주택은 임대의무기간의 절반 이상을 채우고 자진말소하거나,

기간 만료로 자동말소된 경우 말소일로부터 5년 이내에 거주주택을 팔면 비과세가 가능합니다.

 

 

중요한 점은 말소 후 5년 이내라면 해당 주택이 재개발로 인해 멸실되어 입주권으로 변했거나 이미 신축 주택으로 완공되었더라도 상관없이 혜택을 유지해 준다는 사실입니다. 이는 법에서 정한 유예 기간 내의 권리를 두텁게 보호해 주는 취지라고 이해하시면 됩니다.

멸실되었으나 등록 말소 전인 경우의 비과세 판단

많은 분이 궁금해하시는 대목이 바로 이 부분입니다. "건물은 이미 헐려서 없는데, 아직 구청에서 등록 말소 처리가 안 된 상태라면 어떻게 될까?" 하는 의문입니다.

 

 

최근 국세청의 해석(서면-2024-부동산-1331)에 따르면, 재개발 사업으로 인해 물리적으로 주택이 멸실되었더라도 지자체에서 임대사업자 등록을 말소하기 이전이라면 거주주택 비과세 적용이 가능합니다.

 

 

이는 재개발이라는 부득이한 사정으로 인해 임차인이 퇴거하고 공실이 되거나 건물이 철거된 상황을 정부가 예외적으로 배려해 주는 것입니다. 비록 눈앞에 집은 사라졌을지라도 행정적인 등록 상태가 유효하다면 세법상 임대주택으로 간주해 주겠다는 뜻이지요.

따라서 재개발 지역의 임대주택을 보유한 분들은 구청의 직권 말소 통보가 오기 전이 거주주택을 비과세로 매도할 수 있는 '마지막 기회'임을 명심해야 합니다.

 

매도 타이밍 결정을 위한 실무적인 조언

부동산 세금은 서류와 타이밍의 싸움입니다. 특히 재개발 구역은 이주 시작부터 멸실, 그리고 직권 말소까지의 과정이 생각보다 빠르게 진행될 수 있습니다.

 

본인이 보유한 임대주택이 다세대나 다가구처럼 폐지 유형이 아닌 경우라면, 멸실 후 등록이 말소되기 전까지의 짧은 창구를 놓치지 않도록 미리 매도 계획을 세워야 합니다.

 

반면, 이미 자동말소나 자진말소를 마친 아파트 임대주택을 보유 중이라면 5년이라는 충분한 유예 기간이 있으므로 시장 상황을 조금 더 지켜보며 여유 있게 대응하셔도 좋습니다.

다만 어떤 경우든 계약 전에는 반드시 관할 구청에 문의하여 임대 등록 상태를 확인하고, 전문가를 통해 정확한 비과세 가능 여부를 검증받는 돌다리 두드리기 식의 신중함이 필요합니다. 재개발의 거센 물결 속에서 여러분의 소중한 비과세 권리를 지켜내시길 바랍니다.

 

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